І. Дирекція
ІІ. Наукові підрозділи
1. Центр нормопроектного забезпечення діяльності Президента України:
1.1. Відділ державної правової політики;
1.2. Відділ нормопроектних робіт.
2. Відділ гуманітарної політики.
3. Відділ економічної та соціальної стратегії:
3.1. Сектор економічної стратегії;
3.2. Сектор зовнішньоекономічної стратегії;
3.3. Сектор соціальної і демографічної політики;
3.4. Сектор проблем регіонального соціального-економічного розвитку.
4. Відділ інтеграції та стратегічного партнерства:
4.1. Сектор європейської та євроатлантичної інтеграції;
4.2. Сектор стратегічного партнерства.
5. Відділ досліджень країн Близького Сходу та Азійсько-Тихоокеанського регіону.
6. Відділ соціокультурних та етнонаціональних досліджень.
7. Відділ стратегій розвитку громадянського суспільства та соціальних відносин.
8. Відділ стратегій управління регіональним розвитком:
8.1. Сектор регіональної політики;
8.2. Сектор місцевого самоврядування.
9. Відділ стратегій розвитку політичної системи:
9.1. Сектор стратегічного моніторингу;
9.2. Сектор політичного прогнозування.
10. Оперативно-аналітичний відділ.
11. Відділ координації наукових досліджень:
11.1. Сектор планування та звітування;
11.2. Редакційно-видавничий сектор;
11.3. Сектор міжнародного співробітництва.
ІІІ. Функціональні підрозділи
1. Відділ підготовки наукових кадрів:
1.1. Сектор підготовки аспірантів, докторантів, здобувачів;
1.2. Інформаційно-бібліотечний сектор.
2. Відділ інформаційних технологій.
3. Планово-економічний відділ.
4. Відділ бухгалтерського обліку та звітності.
5. Відділ кадрів.
6. Режимно-секретний сектор.
7. Відділ адміністративно-господарського обслуговування та матеріально-технічного забезпечення:
7.1. Сектор контролю та діловодства;
7.2. Технічно-господарський сектор.